Près de 300 000 personnes vivent aujourd’hui avec une maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI) en France, et près de 8 000 nouveaux cas sont diagnostiqués chaque année. Génétique, microbiote, alimentation, environnement… Comment les chercheurs expliquent-ils cette progression continue ? Le Pr Harry Sokol, gastro-entérologue à l’hôpital Saint-Antoine, à Paris, et spécialiste du microbiote, revient sur les connaissances qui permettent aujourd’hui de mieux comprendre les mécanismes à l’origine de ces maladies.
Premier constat : les MICI progressent partout dans le monde
Le nombre de cas ne cesse d’augmenter depuis plusieurs décennies, au point que certains chercheurs parlent désormais d’une véritable épidémie mondiale. Il y a soixante-dix ans, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) étaient encore considérées comme des maladies rares. Aujourd’hui, elles touchent près de 1 personne sur 200 en France.
Il est frappant que les MICI progressent aujourd’hui partout où s’installe un mode de vie occidental. Chine, Inde et plusieurs pays du Moyen-Orient suivent désormais la même trajectoire que l’Europe ou l’Amérique du Nord quelques décennies plus tôt : « On observe exactement les mêmes courbes. On voit l’histoire se répéter », affirme le Pr Sokol.
Pour les chercheurs, cette progression fulgurante constitue l’un des premiers grands indices. Car si les MICI ont explosé depuis l’après-guerre, le patrimoine génétique des populations n’a pas connu de transformation comparable. L’explication ne peut donc pas être uniquement génétique.
Reste à comprendre comment l’environnement agit sur l’organisme. Un indice a orienté les recherches vers le microbiote : « Quand on regarde les gènes de susceptibilité à ces maladies, beaucoup sont impliqués dans la réponse aux micro-organismes », souligne Harry Sokol.
Autrement dit, les chercheurs ont identifié des gènes qui augmentent légèrement le risque de développer une MICI. Mais ces gènes n’agissent pas seulement sur le fonctionnement de l’intestin. Beaucoup jouent un rôle dans la façon dont notre organisme cohabite avec les milliards de bactéries naturellement présentes dans notre tube digestif.
Peu à peu, plusieurs pistes de recherche distinctes convergent vers un même acteur : le microbiote intestinal, cet écosystème composé de milliards de micro-organismes qui vivent dans notre intestin et participent à son bon fonctionnement.
Une nouvelle question émerge : si le microbiote joue un rôle aussi important dans l’apparition des MICI, à quel moment se constitue-t-il ? Quand s’établissent les premières relations entre ces bactéries, notre système immunitaire et notre organisme ? Pour tenter de répondre à ces questions, certains chercheurs ont choisi de remonter bien avant l’apparition de la maladie. Bien avant les premiers symptômes. Jusqu’aux tout premiers instants de la vie.
Et si tout commençait dès la naissance ?
« Les premières interactions avec les micro-organismes durant les premières années de vie vont jouer un rôle sur l’établissement du microbiote et sur l’éducation du système immunitaire », explique Harry Sokol.
Autrement dit, une partie de ce qui se joue dans les MICI pourrait commencer dès les premiers jours de vie, et même dès les premiers instants. Le mode d’accouchement joue notamment un rôle important : lors d’une naissance par voie basse, le nouveau-né est exposé à une plus grande diversité de micro-organismes provenant de sa mère, qui contribuent à la construction de son microbiote, davantage que lors d’une naissance par césarienne. L’allaitement, la présence d’animaux dans l’environnement familial, la vie à la campagne plutôt qu’en ville ou encore le recours aux antibiotiques influencent cette phase d’apprentissage biologique.
Les chercheurs ont ainsi formulé ce que l’on appelle la « théorie de l’hygiène ». « D’un point de vue microbien, grandir entouré d’animaux dans un environnement rural n’expose pas l’organisme aux mêmes micro-organismes que le fait de grandir dans un environnement urbain plus aseptisé », observe le Pr Sokol. Les conséquences pourraient être durables : « Ce n’est pas que le système immunitaire est affaibli, c’est qu’il est mal éduqué. » Parmi les facteurs les plus étudiés figurent les antibiotiques administrés précocement. En modifiant profondément le microbiote, ils pourraient contribuer à augmenter légèrement le risque de MICI chez certaines personnes prédisposées. Mais le spécialiste invite à garder de la mesure : « Ce n’est pas parce qu’on a donné des antibiotiques à un enfant qu’il développera une maladie de Crohn. Les antibiotiques demeurent aujourd’hui l’une des classes thérapeutiques qui sauvent le plus de vies dans le monde. »
Le microbiote passé au crible
Plus les chercheurs avancent, plus le microbiote intestinal s’impose comme une pièce importante du puzzle des MICI. Certaines bactéries semblent en effet favoriser l’inflammation, tandis que d’autres joueraient au contraire un rôle protecteur.
Une découverte a particulièrement retenu l’attention des chercheurs. « Chez des personnes à risque de développer une maladie de Crohn, on commence à voir apparaître des altérations du microbiote jusqu’à cinq ans avant le diagnostic, alors qu’il n’y a ni symptômes ni inflammation détectable », explique Harry Sokol.
Cette observation ne permet pas d’affirmer que ces anomalies sont à l’origine de la maladie. En revanche, elle montre qu’elles interviennent très tôt dans son histoire. « Cela suggère que c’est un phénomène précoce », résume le spécialiste. Cela a relancé une question qui anime les chercheurs depuis plusieurs années : les perturbations du microbiote sont-elles une cause ou une conséquence de l’inflammation ? « Aujourd’hui, on pense que c’est les deux à la fois », répond le Pr Sokol. L’inflammation modifie le microbiote, mais certaines altérations du microbiote semblent également favoriser l’inflammation. Si toutes les pistes semblent aujourd’hui mener vers le microbiote, une question demeure : qu’est-ce qui le modifie au quotidien ?
Ce que nous mettons dans notre assiette compte
Sur ce point, la recherche est aujourd’hui beaucoup plus affirmative que sur bien d’autres : « La cause bien identifiée sur laquelle on peut agir le plus facilement, c’est vraiment l’alimentation. » Produits ultratransformés, additifs alimentaires, alimentation pauvre en fibres ou consommation importante de viande rouge sont régulièrement associés à un risque accru de MICI. À l’inverse, les régimes riches en végétaux, en légumineuses et en fibres semblent exercer un effet protecteur.
Les bactéries intestinales se nourrissent notamment des fibres issues des fruits, légumes, légumineuses et céréales complètes. Une alimentation pauvre en fibres et riche en produits ultratransformés tend au contraire à appauvrir cette diversité microbienne. Elle agit également directement sur les mécanismes immunitaires impliqués dans l’inflammation intestinale. D’autres facteurs sont régulièrement évoqués, comme le stress.
Une maladie qui ne « part pas de la tête »
Parce qu’elles touchent principalement de jeunes adultes, souvent entre 20 et 40 ans, en pleine vie professionnelle et familiale, les MICI sont parfois associées à des facteurs psychologiques. Harry Sokol réfute en partie cette hypothèse : « Ce n’est pas une maladie psychosomatique. » Le stress n’est donc pas considéré comme une cause de la maladie. En revanche, le spécialiste reconnaît que certains événements de vie marquants (deuil, divorce, maladie grave d’un proche) peuvent favoriser l’apparition d’une poussée chez des patients déjà atteints. « C’est ce qui vient “allumer la mèche” de l’inflammation », convient il. Pour le spécialiste, les MICI apparaissent généralement à la rencontre de trois dimensions : une prédisposition génétique, un environnement favorable à la maladie et un événement déclencheur. Ce dernier peut prendre différentes formes : événements traumatiques, infection intestinale, prise d’antibiotiques, de certains anti-inflammatoires non stéroïdiens ou autre perturbation importante de l’écosystème intestinal.
Les chercheurs ont encore leurs mystères
Malgré les progrès réalisés ces vingt dernières années, certaines énigmes résistent toujours. La plus célèbre concerne le tabac. Dans la maladie de Crohn, son rôle est clairement établi : il augmente le risque de développer la maladie et en aggrave l’évolution. Dans la rectocolite hémorragique, les chercheurs observent pourtant un phénomène inverse. Les fumeurs semblent moins exposés à la maladie et il n’est pas rare que le diagnostic survienne après un arrêt du tabac. « C’est l’un des grands mystères de ces affections », reconnaît Harry Sokol. Cette observation ne doit évidemment pas être interprétée comme une invitation à fumer : les effets nocifs du tabac sur la santé demeurent largement supérieurs au bénéfice potentiel observé dans la rectocolite hémorragique.
Les chercheurs s’intéressent également à d’autres composantes du mode de vie moderne. Métaux lourds, pesticides, pollution environnementale et microplastiques font l’objet de nombreuses recherches. « Sur les microplastiques, nous avons encore très peu de données », souligne le spécialiste. Les preuves demeurent beaucoup moins solides que pour l’alimentation. La prévention à l’échelle de la population reste particulièrement complexe. Les MICI résultent d’une interaction entre notre patrimoine génétique et notre environnement, et mieux les comprendre ne signifie pas les faire reculer pour autant. Mais les progrès de la recherche changent déjà la manière de comprendre ces maladies, afin de mieux les diagnostiquer et les prendre en charge.
